İstanbul doğumlu, İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi mezunudur.
Prof. Dr. Bülent Bayraktar halen İÜ İstanbul Tıp Fakültesi Spor Hekimliği Anabilim Dalı’nda öğretim üyeliği yapmaktadır. Türkiye’de Spor Bilimlerinin doçentlik alanı olması konusunda öncü çalışmaları yapmış olan Dr. Bayraktar, aynı zamanda Türkiye’de ilk kadın ve erkek eşit kontenjana sahip öğrenci alımı yapan ve ilk engelli öğrenci kontenjanına sahip olan İÜ Spor Bilimleri Fakültesi’nin kuruculuğunu ve dekanlığını yapmıştır. Akademik hayatı yanında uzun yıllar Beşiktaş, Galatasaray Kulüplerinde kulüp doktorluğu ve sağlık kurulu Başkanlığı görevlerini yürütmüş, halen Türkiye Futbol Federasyonu, Tenis Federasyonu ve Halter Federasyonunda milli takımlar, sağlık, performans ve eğitim konuları ile ilgili kurullarda aktif görev yapmaktadır. Dr. Bayraktar, 2010 yılından beri kulüplerde, 2013 yılından itibaren ise hukuksal zemine oturtulan Türkiye’deki ilk “Sporda Çocuk Esenliği ve Çocuk Koruma Programı’nın TFF deki kurucu ve yürütücülerindendir.