Berlin Teknik Üniversitesi’nde yükseköğrenimini tamamlayan Faruk Eczacıbaşı, 1980 yılında Eczacıbaşı Topluluğuna Holding Planlama bölümünde görev alarak katıldı. Bir süre Eczacıbaşı İlaç Sanayi şirketinde ürün sorumlusu olarak görev yaptıktan sonra 1987 yılında Padeko İlaç Sanayii şirketinde Genel Müdür Yardımcılı ve Genel Müdürlük görevini üstlendikten sonra. 1989 yılında Eczacıbaşı Bilgi İletim AŞ. Şirketini kurarak uzun yıllar topluluğun “e-dönüşüm” sürecini yönetti.
Halen başkanlığını yürütmekte olduğu, Türkiye’nin bilgi toplumuna dönüşmesi vizyonuyla 1995 yılında kurulan Türkiye Bilişim Vakfı (TBV) aracılığıyla Faruk Eczacıbaşı, çeşitli araştırma raporlarının hazırlanması ve bu konudaki politikaların şekillendirilmesi için çalışmaktadır.
1996 yılında Eczacıbaşı Holding Yönetim Kurulu Başkan Yardımcılığı’nı üstlenen Faruk Eczacıbaşı, Eczacıbaşı Topluluğu şirketlerinde Yönetim Kurulu Başkanlığı ve Başkan Yardımcılığı görevlerini yürütmektedir. Ayrıca, 1999 yılından bu yana Eczacıbaşı Spor Kulübü Başkanlığı görevini sürdürmektedir.